农耕问题一直被我国纳入国家安全问题，近年来随着环境的持续恶化，食物安全问题越来越得到任梦的重视，然而观其源头食物污染很重要的一部分是农耕用水污染，2013年1月28日，国务院办公厅发布就针对农耕问题专门发布相关文件，《近期土壤环境保护和综合治理工作安排》文件，文件首次公开提出，未来农业生产将禁止使用污水、污泥。
该文件表示，“严格控制新增土壤污染”是2020年前建成国家土壤环境保护体系、明显改善全国土壤环境质量的主要任务之一。文件要求，在农业生产中，应禁止使用含重金属、难降解有机污染物的污水，以及未经检验和安全处理的污水处理厂污泥、清淤底泥等。
中国许多地区曾有过漫长的污水灌溉历史。1957年，建工部曾联合农业部、卫生部把污水灌溉列入国家科研计划，全国范围内开始兴建污水灌溉工程。1972年召开的全国污水灌溉会议将“积极慎重”作为发展方针。20世纪70年代末至90年代中期，全国污水灌溉面积激增十余倍。至1998年，全国污水灌溉面积达到361.8万公顷，占全国灌溉总面积的7.3%。
污水溉灌的地区主要是北方缺水地区。这些地方在历史上工农业抢水矛盾突出、农业灌溉缺水严重、污水处理率不高。
污水溉灌给中国耕地带来了深重的土壤污染。环保部门在2006年公布的数据显示，污水灌溉污染耕地达3250万亩。
根据全国污水灌区农业环境质量普查协作组20世纪80年代的调查，中国86％的污水灌灌区水质不符合灌溉要求，重金属污染面积占到了污灌总面积的65％，其中以汞和镉污染最为严重。
2013年1月21日，财新《新世纪》发表封面文章“土壤不能承受之重”。财新记者在甘肃白银污水灌溉区、内蒙古包头市包钢尾矿坝污染区、贵州省赫章县工矿污染区等土壤污染严重区域发现，镉、铅等重金属沿土地、农产品链条进入人体，不少当地农民出现莫名疼痛等身体症状。
研究显示，常年不合理的污水灌溉会造成农田严重的有机污染、酸碱盐污染和重金属污染，降低土壤和作物生产力或质量。土壤受到污染后，进而污染农作物，通过食物链进入人体内累积衍生多种慢性疾病，如“痛痛病”。污水灌溉还会导致地下水或河水污染，通过食用生活饮用水或水产品，也可导致人体疾病，如日本的“水俣病”。此外，使用污水灌溉时，会产生硫化氢等有害气体；污水中还携带病菌和寄生虫等，这些对周围环境产生直接影响。
污泥也是重要的土壤污染源。根据财新《新世纪》2012年3月的报道《淘金污泥何处着手》，全国3000座污水处理厂产生的大量污泥，有相当一部分被随意倾倒，甚至造成重大环境污染事故。这些含有大量有机物、重金属，乃至病菌的污泥，重返自然后，容易对农田、河流、地下水造成二次污染，使污水处理的效果大打折扣。
